Os Conselhos de Saúde foram definidos pelas Leis Federais nº 8.080/1990 e nº 8.142/1990, e corroborados pela Lei Complementar Federal nº 141/2012, como órgãos de Controle Social do SUS, junto com as Conferências de Saúde, nas três esferas de governo: federal, estadual e municipal.
Desta forma, o Conselho Municipal de Saúde é um órgão deliberativo na formulação e execução da política municipal de saúde. Inclusive nos aspectos econômicos e financeiros, nas estratégias e na promoção e controle social.
O funcionamento do CMS prevê reuniões plenárias mensais e extraordinárias, com comissões permanentes ou temporárias.
O Conselho deve exercer o controle, o planejamento e a fiscalização do Fundo Municipal de Saúde, fundo esse para onde são destinados os recursos a serem gastos com a saúde no município. Sua composição é sempre paritária.